话说在纽约市的下水道之中住着四只功夫高强的忍者龟,它们跟随着忍者师父—一只来自日本的超级大老鼠.一次偶然机会,它们救了一名正义的电视女记者,她也成为了唯一知道忍者龟藏身处的人....

该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体，并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，打击街头犯罪、邪恶势力和外星入侵，同时他们始终和外界社会保持距离。