故事设定在前作时代的300年后，讲述一个代号为幽灵的邪恶女巫，因为祖先被47浪人所杀，决心复仇的她妄图毁灭所有武士，47浪人的后裔会让她如愿以偿吗？

云青岩凭借仙帝手段，镇压了一个又一个敌人，化解了一次又一次的危机。当他有一天，回首过去的时候，他已经站在了天元王朝的巅峰。此时的云青岩，眼中看到的，早已不是小小的天元王朝，而是那浩瀚无垠的星辰大海，于是他义无反顾的向更广…

在19世纪爪哇，一场野蛮的大屠杀和Van Trach船长（Reinout Bussemaker）和他的荷兰士兵谋杀Arana（Tio Pakusadewo），Jamar（Ario Bayu）和Suwo（Yoshi Sudarso）的苏丹哈姆扎谋杀 - 苏丹的兄弟和婴儿儿子们 - 逃离这个国家，…