第15集
孤独堡垒
卡拉因为对汉克产生反感而自行退出了作战部，回到公司时都会被席芳抢走所有功劳，而凯特在当天收到一封匿名的检举一个不良网站的文件，却因为不相信而拒绝发布出去。当晚，寄出文件的电脑骇客以美女的形象出现在电视中，开始利用网络将整座城市的红绿灯与经济系统瘫痪。
当卡拉、詹姆斯与温开始调查此事时，电脑骇客本人以真人的形象来到他们面前，而卡拉一眼就认出她是一个被关在罗兹堡的一个外星电脑“智囊团星人”，自称“靛青”。卡拉在无处可查下，詹姆斯将她带领至克拉克位于北极的秘密基地‘孤独堡垒’，通过机器人凯利斯提供的资料，得知靛青打算毁灭人类的企图。
之后，露西通过军方资料发现，靛青打算曝光不良网站的真正目的，是为了找上一名曾经和网站有过牵连的军事将领，打算通过他来进入国际城军事基地里的核弹库。同时，靛青成功潜进基地后对城市发射了一枚核弹，卡拉在别无他法下只能去求助汉克与艾丽克斯，通过她们提供的终止密码才将核弹关掉。靛青在温所植入的电脑病毒下开始自我解体，但却在最后一刻说出自己才是借由卡拉的宇宙船，将罗兹堡脱离幻影空间的人。
事情一结束，露西发现詹姆斯和卡拉之间的情愫后决定和他分手，而卡拉好不容易回归作战部时，艾丽克斯最终将自己杀死奥丝特拉的实情对卡拉一五一十地说出，但得知实情的卡拉却没有怪罪于她，反而拥抱安慰了充满愧疚的姐姐。此时，诺恩用外星技术将粉碎解体的靛青再次重组起来，说从今以后就听他的命令行事。
第16集
