简介：朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始。又是炸弹，地点是京都·舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体！而且是自卫队员的遗体！ 遗体旁边留下了几个可疑之处。参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍X。究竟间谍X是何人？和迷船又是什么关系？不久，间谍的身影开始接近柯南他们。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本！
