年幼时的萝塞特一次不慎和弟弟尤休亚一起掉入墓穴，与自称是恶魔的克罗诺相遇，她与弟弟从此与克罗诺之间建立了绝对的信赖关系。可惜好景不长，尤休亚因为自身的原因或者说是神的旨意，能拯救别人却不能拯救自己，为此而十分苦恼与痛苦，…

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

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菲瑞尔蒂住在罗兰家统制的鲁亚尔高州的偏僻乡村,本来与女王年候补斗争无关的少女,从戴上死去的母亲的项链那刻开始,命运的齿轮开始转动.

故事背景设定为20世纪90年代的半架空世界，国际佣兵化军事组织“秘银”与国际恐怖组织展开着战斗，而在这过程中身为秘银特工的少年相良宗介，与他任务中的保护对象——高中生少女千鸟要相遇并展开了一段冒险之旅。