故事的舞台在只会对女性产生反应的超兵器「インフィニット ストラトス」(IS)，为了育成操纵者而建立的学院，IS学院。集中了世界各地的少女在此日复一日的学习——但事有例外，身为男性的织斑一夏，却不明原因地启动了IS，进而被强制入学…