联邦调查局助理局长沃尔特·斯金纳是一起谋杀案的主要嫌疑人，谋杀案涉及一名与她共度死亡之夜的妇女。穆德和史高丽是他唯一要证明自己清白的人，因为上级官员试图让他闭嘴，唯一的线索就是一个神秘的老妇人。

沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

故事围绕一位平凡的母亲玛格丽特·霍尔展开，当她发现自己17岁的同性恋儿子与邋遢的酒吧老板交往时，她平静的郊区生活因此而被搅乱了。而在她发现所说的情人死在她家附近后，故事情节就更加激化了。想到她儿子肯定卷入这起谋杀案，玛格丽…