该剧是90年代X战警系列动画续集，万磁王领导X战警。在充满着仇恨和偏见的人类主宰的世界里，熟悉的X战警成员接连回归，全新角色即将加盟。

万磁王为了争取更多变种人的权利，他聚集了一批部下不断针对人类进行破坏。而X教授致力于人类与变种人之间和谐生存，他创办了X学院，收取变种人学生，教导他们知识，让他们能合理运用自己的能力。培养他们成为X战警，保卫人类与变种人。