1555年，时为战国时代。有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！”目标只有一个，那就是天下布武！

武艺高强的吴大师秘密训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金幻影武器，以维护世界和平。邪恶魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并作恶世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途、一路战斗、征服神龙穿行…

该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体，并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，打击街头犯罪、邪恶势力和外星入侵，同时他们始终和外界社会保持距离。

武艺高强的吴大师秘密训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金幻影武器，以维护世界和平。邪恶魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并作恶世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途、一路战斗、征服神龙穿行…

将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西…

在打败了长久以来的劲敌、终极反派史莱德之后，神龟们也开始面对“成长的烦恼”了，他们不再一起战斗，而是开始专注于自己喜欢的领域，成了四个形单影只的“独行侠”。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心，对于他来说，最重要的就是和…

平凡的学生实际上是忍者的后代，由此展开一系列的冒险故事。